Forskningsingenjör inom bioinformatik

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.
Institutionen för processteknik och tillämpad biovetenskap (PLE) vid Lunds universitet är belägen på Kemicentrum, en av Nordens största centra för utbildning och forskning inom kemiområdet. PLE har cirka 150 anställda, varav cirka 65 är doktorander. Institutionen erbjuder en bred kompetens inom områden som kemiteknik, livsmedelsteknik, bioteknik och teknisk mikrobiologi. Forskningen och utbildningen vid PLE spänner över hela kemiämnet och inkluderar både grundutbildning och forskarutbildning.
Institutionen för processteknik och tillämpad biovetenskap (PLE) vid Lunds universitet arbetar aktivt för att säkerställa en god arbetsmiljö genom flera initiativ och rutiner. PLE uppmuntrar till öppen kommunikation och samverkan mellan anställda, studenter och ledning för att kontinuerligt förbättra arbetsmiljön. Detta inkluderar regelbundna möten och dialoger för att diskutera arbetsmiljöfrågor och hitta gemensamma lösningar.
Beskrivning av arbetsplatsen
Anställningen är placerad vid avdelningen för bioteknik och teknisk mikrobiologi vid Institutionen för processteknik och tillämpad biovetenskap, LTH, Lunds universitet. Här bedrivs forskning och utbildning inom mikrobiologi, bioinformatik och tillämpad bioteknik.
Du kommer att ingå i en forskningsmiljö med nära handledning och samarbete kring dataintensiva frågeställningar inom mikrobiom och antibiotikaresistens. Arbetsplatsen finns på Kemicentrum i Lund och arbetet sker i nära samverkan med forskare med kompetens inom bioinformatik, mikrobiologi och beräkningsmetoder.
Anställningen finansieras av ett externt projekt från Crafoordstiftelsen och syftar till att etablera en ny forskningslinje kring spårning av antimikrobiell resistens på stamnivå med hjälp av metagenomikdata. Projektet omfattar metodutveckling, pilotanalyser och benchmarking som underlag för framtida större ansökningar.
Vi arbetar strukturerat med handledning, dokumentation och reproducerbara arbetsflöden och eftersträvar en inkluderande arbetsmiljö med goda möjligheter till lärande och kompetensutveckling.
Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.
Hos oss får du möjlighet att arbeta i gränslandet mellan bioinformatik, mikrobiologi och metodutveckling i ett växande forskningsområde. Du får tillgång till handledning, etablerade analysmiljöer samt möjlighet att arbeta med storskaliga data i Linux- och HPC-miljö.
Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss.
Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Som forskningsingenjör kommer du att arbeta med behandling och kvalitetskontroll av större metagenomikdataset, köra etablerade bioinformatiska arbetsflöden för detektion av antimikrobiell resistens, organisera och dokumentera analysflöden samt bidra till pilotanalyser, benchmarking och metodutveckling inom projektet. Arbetet sker i nära samarbete med ansvarig forskare.
Kvalifikationer
Krav för anställningen är:
examen på master- eller civilingenjörsnivå inom bioinformatik, bioteknik, databiologi eller motsvarande relevant område.
god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift.
goda kunskaper i bioinformatik, beräkningsbiologi eller närliggande område.
erfarenhet av analys av metagenomikdata eller närliggande omikdata.
analytisk, noggrann, självgående och har god samarbetsförmåga.
erfarenhet av Linux, skriptning och arbete i HPC-miljö.

Meriterande för anställningen är:
kunskap om mikrobiomforskning, AMR-detektion eller relaterade bioinformatiska verktyg.
erfarenhet av reproducerbara analysflöden, versionshantering och dokumentation av pipelines.
utbildning eller kurser inom mikrobiologi, statistik eller data science.
tydligt intresse för metodutveckling och strukturerat arbete med stora datamängder.
erfarenhet av benchmarking av bioinformatiska metoder och arbete med offentliga sekvensdatabaser.

Hänsyn kommer att tas till hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka det administrativa arbetet inom avdelningen/institutionen samt bidra till dess framtida utveckling.
Övrigt
Anställningen är en särskild visstidsanställning under 6 månader med omfattningen 100 procent, med tillträde snarast eller enligt överenskommelse.  Placering är vid Kemicentrum i Lund.
Så här söker du
Ansökan ska innehålla CV och personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan bör även innehålla examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc)”.
Välkommen med din ansökan!
LTH – Lunds Tekniska Högskola – är en del av Lunds universitet. På LTH utbildar vi människor, bygger kunskap för framtiden och arbetar hårt för att utveckla samhället. Vi skapar utrymme för briljant forskning och inspirerar till kreativ utveckling av teknik, arkitektur och design. Här läser närmare 12 000 studenter. Varje år publicerar våra forskare – varav många verkar inom världsledande profilområden – omkring 100 avhandlingar och 2 000 vetenskapliga rön. En rad forskningsresultat och studentarbeten förädlas till innovationer. Tillsammans utforskar och skapar vi – till nytta för världen.
Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.